Первый морской класс был создан в ГБОУ средняя школа №301 Фрунзенского района Санкт-Петербурга в 2004 году. С этого момента началось сотрудничество с Центром национальной славы России в рамках проекта «Наследники Морской славы России», Морским Советом при правительстве Санкт-Петербурга, Советом Героев Советского Союза и Российской Федерации, ветеранскими организациями.
В 2007 году была разработана и утверждена программа обучения и воспитания в классе юных моряков на основе морских традиций. Программа является основой для организации жизнедеятельности класса в течение четырех лет (1-4 классы). Данная форма организации Класса Юных Моряков — это один из способов развития учебно-воспитательного процесса в начальной школе с учетом современной социально-образовательной ситуации, организации предпрофильного и профильного обучения. Учащиеся во внеурочное время посещают следующие занятия: морское дело, хор, танцы.
В 2008 году вышло в свет методическое пособие «Как пройти к морю», созданное педагогами школы. Пособие получило широкий отклик среди педагогического сообщества не только Санкт-Петербурга, но и получило распространение по школам России. За эти годы пособие несколько раз переиздавалось.
В 2015 году в школе появились еще два морских класса. Сегодня в каждой параллели начальной школы есть морской класс. В октябре каждого года в школе отмечается День рождения школьной флотилии, на который приглашаются родители, почетные гости и многие другие. Еще один постоянный праздник, который органично вошел в жизнь школы, это День пиратов. Веселый праздник в формате игр по станциям проводится осенью на школьном стадионе. День пиратов объединяет не только ребят из морских классов, но и обучающихся всей начальной школы.
В основной школе ведет свою работу Морской клуб Фрегат. В клуб могут записаться все желающие с 5 по 11 класс. В клубе ребятам предлагаются разнообразные занятия: Морское дело, Шлюпочная подготовка, История Российского флота, Морской английский, Информатика (Бит и Байт), Оператор судна и Цифровой навигатор.
КЮМовцы принимают активное участие в различных соревнованиях, конкурсах морской направленности регионального и всероссийского уровней. Юный моряки являются участниками ежегодного слета юных моряков, морской регаты на Ивановских карьерах. Имеют множество дипломов и кубков.
В 2016 году школа награждена Почетным знаком «За активную работу по патриотическому воспитанию граждан Российской Федерации»
Учащиеся школы принимают участие во Всероссийском проекте «Россия – страна мореходов 21-го века». С 2019 года КЮМовцы обучаются в Морском центре имени капитана Варухина города Великий Новгород по дополнительной общеобразовательной общеразвивающей программе «Оператор судна». Обучение в рамках Проекта ведется по программам, цель которых состоит изучении основ современного и будущего судовождения с использованием новых цифровых технологий навигации (е-Навигация) и безэкипажного судовождения, компетенций сквозных технологий НТИ. Система обучения состоит из 2 этапов: теоретического (с применением дистанционных технологий) — ежегодно с 1 октября по март и практического (очного, на базе ГОАУДО «Морской центр капитана Варухина Н.Г») – апрель-май, в течение 5 дней. По результатам рейтинга тестов – в июне – июле плавпрактика на кораблях центра. Общее количество детей в школе, обучающихся по этой программе, 30 человек.
В 2022 году КЮМовцы стали участниками Всероссийского слета юных моряков. Наши ребята Егоров Е, Кулумбегов Т, Ефанов А. являются лучшими курсантами, их фотографии размещены на виртуальной доске почета проекта. Наши преподаватели прошли Школу для педагогов в Морском центре в 2022 году. Они принимают участие в ежегодном всероссийском конкурсе «Детское море». Дважды педагоги школы становились победителями этого конкурса, были награждены поездкой на теплоходе Господин Великий Новгород.
С 2020 года наша школа вошла в Ассоциацию общеобразовательных организаций, осуществляющих подготовку обучающихся по направлению «Морское дело». Педагоги школы принимают активное участие в мероприятиях ассоциации, проводят семинары для педагогов города, интерактивные игры, соревнования для детей.